Im März 1941 startete der Bau der Oberleitung, am 31. Juli 1941 konnte die erste Linie M eröffnet werden, die die gleichnamige Buslinie ersetzte. 14 MAN/Siemens, die 1940 erbaut wurden, kamen zum Einsatz. Wie die Straßenbahn fuhren die Trolleybusse mit einer Nennspannung von 550 Volt. Bereits am 1. Oktober 1941 konnte die zweite Linie P eingeführt werden. Am 16. November 1943 kam die dritte Trolleybuslinie H hinzu, neue Trolleybusse wurden bei den Firmen FBW-Oerlikon aus der Schweiz bestellt, die jedoch erst im Jahre 1947 geliefert wurden. Am 1. Januar 1944 erhielten die Straßenbahnlinien A, B, C die Nr.1-3, die Trolleybuslinien M, P und H die Nr. 11-13. 1948 kam die Linie 14 hinzu, bis 1956 wuchs das Netz auf 7 Linien (11-17) an. Neben einigen Verlängerungen kam am 1.10.1958 die Linie 18 hinzu. In den 60er Jahren erfolgte aus Wagenparkmangel und in den 70er Jahren wegen Straßenbauarbeiten eine Reduzierung des Trolleybusverkehrs. Die verbleibenden Linien (13, 14, 15, 17, und 18) wurden 1980 wegen der Erweiterung der Straßenbahnlinien in Linien 213, 214, 215, 217 und 218 umbenannt. Mit der Auslieferung neuer Skoda 14Tr konnte die Linie 12 als Linie 212 am 1.1.1982 wieder eingeführt werden, Anfang 1982 folgte eine neue Trolleybuslinie 211.

Für die Linien 212 und 217 konnten im Jahr 1985 zwanzig Gelenktrolleybusse des Fabrikats Skoda-Sanos beschafft werden. Am 2.1.1986 wurde die Trolleybuslinie 210, am 05.09.1994 die Linie 209 und am 7. November die Linie 208 neu eingeführt. Eine Netzerweiterung erfolgte am 11.09.1998 mit der neuen Strecke zum nationalen onkologischen Institut und dem slowakischen Institut für Herz-Kreislauferkrankungen. Die Trolleybuslinien 206 und 207 bedienten von Mlynske Nivy die beiden neuen Endstationen. Damit gab es in Bratislava 13 Trolleybuslinien. Eine umfassende Umgestaltung der Trolleybuslinien wurde am 23. Dezember 1999 eingeführt. Aus Abschnitten der Linien 213 und 216 wurde die Linie 203 und aus Teilen der 216 und 217 die 207. Die Linie 208 wurde um Abschnitte der Linien 216 und 213, die Linie 209 um einen Abschnitt der Linie 207 erweitert. Die Linien 215 wurden in 205, 218 in 201, 219 in 204 und 220 in 202 umbenannt. Lediglich die Linien 206, 210 und 212 blieben unverändert. Somit gab es 12 Trolleybuslinien 201-212, ab dem 04.09.2006 konnte die DUO-Buslinie 33 mit Skoda 25 Tr 6701-6706 eingeführt werden, die auch fallweise auf den Buslinien 133 und 32 zum Einsatz kamen. Am 27.03.2012 konnte im Rahmen des Depotneubaus die Autobuslinie 64 auf Trolleybusbetrieb umgestellt werden, so dass die Anzahl der Trolleybuslinien auf 14 stieg.